În anul 64 d.H., Nero, după câte se spune, a incendiat Roma, apoi i-a acuzat pe creştini că ar fi fost autori ai dezastrului. A urmat o violentă persecuţie asupra creştinilor. Ei au devenit ţapii ispăşitori. Au fost aruncaţi la fiare, în amfiteatre; au fost arşi ca nişte torţe vii pentru a lumina jocurile nocturne din grădinile imperiale şi din circul Colisseum. Aceasta era starea lor când Pavel a fost arestat şi condus la Roma pentru a suferi un al doilea proces, aşa cum se crede în general. Aceasta s-a întâmplat către 65 sau 66 d.H. Din Roma Pavel a scris a doua epistolă către Timotei. Aceasta a fost ultima dintre scrisorile sale canonice. în timpul primei sale întemniţări la Roma, apostolul avea o anumită libertate de mişcare şi se putea ajunge la el cu uşurinţă. A doua oară, situaţia era mult diferită. Se pare că el era în lanţuri şi era atât de strict supravegheat încât numai cu multă greutate se putea ajunge până la el; în timp ce prima dată Pavel prevedea achitarea şi eliberarea, acum el se aştepta să-şi încheie drumul pe pământ. Era considerat un răufăcător, un criminal din cea mai rea stare. (2 Tim. 1:8, 16 - 18; 2:9; 4:6 - 8, 18) Acest tratament riguros rezulta din schimbarea atitudinii lui Nero faţă de creştinism. Se crede că martiriul lui Pavel s-a întâmplat la Roma către 66 d.H. A doua epistolă către Timotei a fost scrisă probabil înainte de iarna lui 65 sau 66.

    Pavel îl sfătuieşte pe Timotei să rămână puternic în credinţă, să nu se ruşineze de mărturia lui Pavel prizonier. Dumnezeu nu a dat un duh de laşitate, ci de putere şi de iubire şi de lumină a minţii. Hristos a abolit moartea şi a pus în lumină viaţa şi nemurirea, iar Pavel suferea deoarece predicase aceste lucruri. (1:1 - 18) Pavel îi cere lui Timotei să comunice altora lucrurile pe care le învăţase, pentru ca şi ei să-i poată învăţa pe alţii care caută adevărul. Ca bun soldat al lui Hristos el trebuia să suporte adversitatea şi să nu se amestece în lucrurile vieţii acesteia. Pavel îi spune lui Timotei: “Caută să te înfăţişezi înaintea lui Dumnezeu ca un om încercat, ca un lucrător care n-are de ce să-i fie ruşine şi care împarte drept Cuvântul adevărului. Fereşte-te de vorbăriile goale şi lumeşti; căci cei ce le ţin vor înainta tot mai mult în necinstirea lui Dumnezeu”. Instruieşte cu blândeţe! - 2:1 - 26

    El dă un avertisment privitor la ultimele zile. Acestea vor fi timpuri grele; oamenii vor fi la fel ca brutele; fiecare formă de închinare va fi doar exterioară. Deoarece oamenii păcătoşi devin din ce în ce mai păcătoşi, Pavel îi cere lui Timotei să meargă după Scripturi, care i-au fost predicate din copilărie. De ce? Pentru că “toată Scriptura este însuflată de Dumnezeu şi de folos ca să înveţe, să mustre, să îndrepte, să dea înţelepciune în neprihănire, pentru ca omul lui Dumnezeu să fie desăvârşit şi cu totul destoinic pentru orice lucrare bună.” (3:1 - 17) “Propovăduieşte Cuvântul, stăruieşte asupra lui la timp şi ne la timp”, cere Pavel. Va veni timpul în care oamenii nu vor suporta învăţătura sănătoasă, ci vor dori să audă învăţături plăcute urechilor lor. Dar Timotei trebuia să-şi ducă la îndeplinire serviciul în ciuda greutăţilor. Pavel declară apoi că este gata să fie oferit morţii; el este mândru că a dus o luptă bună şi speră că Domnul îl va învia din moarte împreună cu alţi credincioşi pentru viaţa spirituală în vremea manifestării Sale. Încheind, Pavel îi cere lui Timotei să vină la el înainte de iarnă şi îi spune că doar Luca a rămas cu el. Cere ca Timotei să ia pergamentele lăsate la Troa. Îl aminteşte pe Alexandru căldărarul, spunând că acesta i-a făcut mult rău. Se bucură deoarece Domnul Dumnezeu este cu el în timp ce ceilalţi l-au abandonat şi exprimă încă o dată credinţa că Iehova Dumnezeu îl va păstra în împărăţia sa cerească. - 4:1 - 22